北京食品科学院环境工程部是从事环境保护研究、工程设计及建设项目环境影响评价的专业机构，具有国家甲级环境影响评价资质和废水处理乙级设计资质。
环境工程部具备完善精良的检测设备，实验室经过认证成为北京市二商集团有限责任公司监测中心，承担集团系统内部及各生产企业环境监测任务；同时作为北京市城市节约用水办公室中水监测定点单位，为中水验收及水质监测提供服务。
    部门拥有多名长期从事环境保护工作的高、中级技术人员及完善的污水处理实验室和检测设备，在开展环保科研工作的同时，还可为企业提供环保信息技术，解决企业环境污染问题，承担工厂的污水处理设计及工程承包项目。
    环境工程部针对屠宰污水、酿造废水、豆制品加工等食品行业高浓度有机废水自主研究开发的廊道式污水处理技术与设备，已成功应用于多家企业；研制开发的新型中水处理设备——套筒式污水处理装置获得国家专利；完成了“屠宰污水资源化回用处理技术与设备的研究”、“肉制品加工企业污水回用技术及设施研究”等多项课题，并成功将研究成果应用于实际生产。